Прво и најважније, један од највећих недостатака 3Д штампања је цена. Почетна инвестиција у технологију 3Д штампања може бити прилично висока, посебно за врхунске штампаче. Поред тога, трошкови материјала који се користе у 3Д штампању такође могу бити скупи. За кућне кориснике, ово може учинити 3Д штампање мање него приступачним хобијем.
Још један велики недостатак је брзина 3Д штампања. У поређењу са традиционалним методама производње, 3Д штампа може бити спор процес. Ово посебно важи за веће и сложеније дизајне. Ова спора брзина штампања може довести до дужег времена испоруке и кашњења у распореду производње.
Трећи недостатак 3Д штампања је ограничена разноликост материјала који се могу користити. Иако је постигнут значајан напредак у врстама материјала који се могу користити у 3Д штампању, распон доступних материјала је и даље много ограниченији од традиционалних метода производње. За одређене примене, као што су производи који захтевају високу чврстоћу или отпорност на температуру, 3Д штампа можда није најбоља опција.
У закључку, иако 3Д штампа има много предности, није без недостатака. Цена, брзина, ограничена разноликост материјала и потенцијални здравствени ризици су све фактори које треба узети у обзир при избору 3Д штампања као методе производње. Компаније и појединци морају да одвагају предности и недостатке 3Д штампања како би утврдили да ли је то најбоља опција за њихове потребе.